Бащата на Хонза е арестуван от Гестапо. Скоро Петър и Якуб получават забрана да посещават училище, а жълти звезди започват да украсяват реверите им. Следват трудни дни, в които приятелите въпреки всичко остават заедно. Транспорт отвъд вечността разказва за ужасяващите транспортни влакове, откарали хиляди души в концлагерите. Придружава героите си и до камерите на смъртта в Аушвиц.

Голяма част от героите на романа са действително съществували юноши, които оставят след себе си дневници, рисунки, стихотворения, дори романи. Писателят изследва творчеството им и го вплита в книгата, като така се ражда четиво, което съчетава нуждата да познаваме историята с възможността всяко дете да се вдъхнови самото то да е творец.