Балканска мелодия разказва историята на Марсел и Катрин Селие, които чрез собствената си любовна история откриват споделената си страст към музиката на Източна Европа. В годините на Студената война те прекосяват границите, за да съберат и документират – понякога като в приключенски филм, надмогвайки идеологически и бюрократични пречки – автентичната фолклорна музика на Източна Европа, до тогава съвършено непозната на Запада. С безбройните радиопредавания и милионите продадени плочи Марсел Селие прави тази музика световноизвестна и поставя основите на изключителния международен успех на легендарния българския хор Мистерията на българските гласове. По стъпките на семeйство Селие, филмът преоткрива легендите и музикалното богатство на Мистерията на българските гласове и на Георге Замфир, но през призмата на живота им в днешните обстоятелства.
На фона на проблемите на прехода в страните от Източна Европа, красотата и вечността на музиката остават непокътнати.