За да са сигурни, че няма да повторят грешките си от Мъже в черно 2, Зоненфелд и сценаристите му са внесли сериозно количество промени в познатата формула, като въпросните промени стигат дори до изненадващия ход Томи Лий Джоунс да бъде избутан в поддържаща роля.
Началото на новата серия с нищо не подсказва за изненадващите обрати и агентите Джей (Уил Смит) и Кей (Джоунс), служители в тайнствената организация, следяща извънземната активност на родната ни планета, преследват поредния галактически терорист – Борис Животното (Ямен Клемент). Последният обаче ги надцаква ефектно, като се връща във времето и убива агент Кей. Единственият шанс на Джей е да се върне още по-назад през годините и да обедини сили с младото аз на своя партньор (Джош Бролин), за да спре Борис.
Принципно идеята с пътуванията във времето и промяната на причинно-следствените връзки често пъти издават неспособност да се измисли нещо оригинално, но в Мъже в черно 3 тази идея работи изненадващо добре. Особено предвид факта, че Бролин имитира чудесно героя на Джоунс, а Зоненфелд се е позабавлявал в пресъздаването на разни пъстри анахронизми и намигания към абсурдните шестдесетарски фантастики. Струва си да се спомене и участието на гримьора и дизайнер ветеран Рик Бейкър, чиито извънземни за пореден път са толкова шантави, че чак култови.